Después de que la Tierra fuera destruida por misteriosas formas de vida alienígenas conocidas como Gauna, los restos supervivientes de la raza humana escaparon al espacio en la enorme nave generacional Sidonia. Después de haber navegado por el espacio durante milenios, los Sidonia se encontraron una vez más bajo el ataque de Gauna por primera vez en un siglo. Una vez más, frente a la amenaza de extinción, se logró una victoria temporal contra los Gauna gracias al híbrido humano-Gauna Tsumugi Shiraui y al piloto mecánico Guardián Nagate Tanikaze. Diez años después... Los habitantes de Sidonia disfrutan de un breve respiro.