Clannad está ambientado en una escuela secundaria ubicada en una ciudad japonesa. Okazaki Tomoya es un estudiante de tercer año que no se toma en serio sus estudios. Siempre tarde a clase, es visto como un delincuente por el resto de sus compañeros que están ocupados preparándose para sus exámenes de ingreso. No hace falta decir que tampoco tiene muchos amigos cercanos.