Después de haber asistido a Mihama Academy durante aproximadamente un año, Yuuji Kazami aparentemente ha encontrado su lugar dentro de la escuela, pero de repente decide seguir un ascenso en CIRS. Después de consultar a JB sobre sus intenciones, ambos examinan a fondo los documentos de Yuuji y analizan los acontecimientos de su educación para determinar si el trabajo es adecuado para él. Mientras tanto, sin que los dos lo sepan, las niñas de Mihama descubren algunos documentos rotos en la habitación de Yuuji. Después de restaurar los papeles, descubren la historia que ha formado -o quizás roto- a Yuuji en el hombre que es hoy. Sin embargo, lo que se pensaba que era historia lo ha perseguido hasta el presente, y las cadenas del pasado comienzan a arrastrarlo de vuelta a la oscuridad....