*Seirei Gensouki: Spirit Chronicles* sigue a Haruto Amakawa, quien muere antes de reencontrarse con su amiga de la infancia desaparecida. Al mismo tiempo, Rio, un niño de los suburbios que busca vengar la muerte de su madre, despierta con los recuerdos y la personalidad de Haruto en su cuerpo. Ahora, ambos deben encontrar su camino en este nuevo mundo.