En 1999, un enorme meteorito se estrelló contra la Tierra y causó una calamidad global que agotó las aguas del planeta. Además, el meteorito transportaba criaturas extraterrestres conocidas como los Gusanos que procedieron a matar humanos y asumir sus identidades. Para contrarrestar esta nueva amenaza, se formó ZECT, que a su vez creó el Sistema de Kamen Rider para combatir a los gusanos. Las batallas duran más de siete años, agotando los recursos de la Tierra y convirtiéndolo en un páramo árido. En la actualidad, las luchas de poder en ZECT han provocado que Hidenori Oda establezca un grupo disidente llamado Neo-ZECT con Daisuke Kazama y Shura Hokuto para luchar contra la autoridad de ZECT. Un misterioso joven llamado Souji Tendou llega a la ciudad y decide vender su poder a Neo-ZECT o ZECT para su propia agenda personal.