Durante un partido amistoso entre Shinsei Inazuma Japan y Inazuma Legend Japan, un misterioso jugador llamado Asta irrumpe con técnicas desconocidas, seguido por un ataque de LBXs que causa caos y la desaparición del equipo rival. Ban Yamano y su equipo de LBX llegan para enfrentar la amenaza, mientras una chica llamada Fran anuncia la destrucción de su mundo. Con la barrera entre ambos mundos debilitándose, los jugadores de fútbol y los agentes de LBX deben unirse para detener a los villanos y salvar sus realidades.