Cuando Scooby Doo y el grupo intentan capturar al virus fantasma, son accidentalmente transportados dentro de un videojuego basado en sus propias aventuras y misterios. Mientras persiguen al Virus Fantasma tendrán que pasar a través de los 10 monstruosos niveles del juego, y el grupo viajará a través del tiempo desde la prehistoria hasta un futuro espacial e incluso tendrán que combatir con una multitud de villanos virtuales de sus más famosas aventuras.